随着普军战略展开的完成，双方开始交火，战争进程发展迅速。但是，整个战争是在3个战场上差不多同时展开的，其决定性的作战行动发生在波希米亚战场上，它决定了战争的命运。
在南线，即意大利战场，由奥意军队交锋。战事一开始，形势就对奥地利有利。本来，意大利拥有一支人数颇多、装备精良的军队。它由国王维克多一厄曼纽尔二世亲自统率，主动地向阿尔布特将军率领的奥地利军队出击。可是，1866年6月24日，两军在库斯托查发生的第1场会战中，意军竟被打得惨败，官兵四处散逃，以致达到无力再战的程度。俾斯麦对自己的盟军如此缺乏战斗力感到非常恼火，但却无可奈何。意军的惨败使普军迫敌两线作战的战略计划不能实现。奥军在意大利获胜以后，并没有继续发展攻势，而是放弃了威尼斯，只留少量兵力驻防，而将大部分兵力迅速调回多瑙河沿线，以支援形势紧迫的北战场作战。
在西线，即德意志战场，是由普鲁士军队对奥地利阵营中一些成员国的进攻。宣战后，普军迅速开进了奥地利的盟邦汉诺威、黑森一加塞尔和萨克森等毗邻国家。这些国家的军队，在普军的强大威势之下节节后退。萨克森军队被迫撤退到摩拉维亚地区，并在那里与奥地利的军队会合，并入了贝奈德克将军指挥的北方军团。1866年6月27日，冯·法尔肯施泰因将军率领普军5万余人，挺进到朗根萨尔察附近，在那里大败汉诺威军队，进而围困了汉诺威城。1866年6月29日，汉诺威王奥格尔格宣布投降。尔后，在7月初，法尔肯施泰因挥军南下，准备先占领法兰克福，随后向巴登和符腾堡进军。
在北线，即波希米亚战场，由普军发起主要突击。起初，毛奇命令3个军团向东移动：第1军团向尼斯河以东挺进，第2军团进至格尔利次以东地区，易北河军团则沿易北河南移，向第1军团右翼靠拢。1866年德累斯顿，随后即与第1军团汇合。这时，毛奇得知奥军正由摩拉维亚向西北方向的边境开进，于是当机立断，命令第2军团翻越苏台德山脉，回师向西南突进;第1军团和易北河军团则沿厄尔士山脉的隘路行进，向山南进军。这样，普军构成钳形攻势，分进合击，首先消灭贝奈德克统率的奥军主力，然后直取维也纳。
战争后期
6月25日，普军按命令向前开进。两路大军都因为并不知道奥军的具体位置而摸索前进，指挥又无法协调，因而在翻山越岭通过山隘时，行动颇为缓慢。此时，正在朝西北方向开进的奥军，如能利用普军行军困难之机，扼守山南各个隘口，本来是有把握将普军各个击破的。遗憾的是，贝奈德克将军不是高明的战略家，他白白地坐失了良机，致使普军顺利地通过了山地，进入到山南地区。1866年6月26日，进到山南的普军易北河军团和第1军团，在伊塞尔河西侧与奥军阿尔贝耳特将军率领的2个军相遇。阿尔贝耳特不敢固守伊塞尔河，未经严重战斗即撤出该地区，主动朝东南方向退却。易北河军团抓住良机，乘胜追击。此时，普军第2军团还在翻山越岭，艰苦推进。
同一天，即6月26日，贝奈德克率领的奥军主力，共6个军28万余人，已经到达易北河上游亚罗默希以西地带。他在那里观望等待，企图在普鲁士的两路大军之间选择一路，准备集中力量予以打击。次日，奥军主力一部与普军的第2军团相遇，结果被行军疲乏的普军打败。贝奈德克得知警戒部队遭到打击的消息，命令部队向西撤退，打算在波希米亚境内集中其全部兵力，然后选择二者之一进行打击。可见，撤退的后果只能是军心浮动，体力损耗。其西面此时正好也陷入困境。阿尔贝耳特在伊塞尔河失利后，追击的普军步步逼进;东线的普军第2军团在打败奥军警戒部队后，也步步跟进，咄咄逼人。这样，奥军顿时丧失了主动权，处在普军两路部队的夹击之中。1866年6月30日，贝奈德克率奥军主力向东南退却，以逃避普军的钳形攻势;7月1日夜间，奥军到达易北河的上游河畔，位于凯尼格列茨与萨多瓦之间的高地上。贝奈德克眼见形势危急，决心在7月3日向南渡过易北河，经由帕尔杜比策向南方撤退，尔后再徐图抵御之策。然而，他还没有来得及南撤，决定性的萨多瓦会战便打响了。
在当时的战况发展中，普军也显得相当混乱。各军团分别进攻，缺少协同配合，有的已经失去统一指挥，一时竟摸不清奥军撤退的方向。他们大都以为奥军必定向南撤退，经由帕尔杜比策回守维也纳。而实际上，奥军因为南翼被堵，只有向东开进。由于普军统帅部未能及时掌握情况，普军官兵因连续行军作战而疲惫不堪，加上第1、第2两个军团以及奥军一些部队互相混杂在一起，统帅部也就一时无法进行指挥和调整，以致未能组织有效的战术追击，使奥军避免了全军覆灭的厄运。
萨多瓦决战以普军的大胜而结束了。奥军的伤亡和被俘人员虽然达4.5万余人，但总司令贝奈德克仍率主力约15万余人安全地撤退了。普军在作战中的伤亡，总共约达1万人。但是，经此一役，战争中的命运也就最后决定了，奥地利已经无力再战。
1866年7月5日，由于奥地利皇帝弗兰茨·约瑟夫的请求，法国皇帝拿破仑三世出面调停。当时，普军是有能力继续进攻的。被胜利冲昏了头脑的普王威廉和他的将领们，都要求继续进军，
攻占维也纳，彻底击溃奥地利。然而，头脑清醒的俾斯麦却有政治远见，他担心战争一旦拖延，将引起法国的干涉，或者在被击溃的奥地利境内发生革命，从而使普鲁士统一德国的计划毁于一旦，因而力主谈和。他认为，如果过分地伤害奥地利人的感情，迫使他们孤注一掷，甚至铤而走险，那么，在未来必将来临的普法战争中，将不能争得奥地利的中立，对普鲁士很为不利。因此，他力排众议，主张立即缔约，甚至对国王以辞职相威胁。普王威廉一世在权衡利弊之后，终于让步。7月22日，普奥双方代表在尼科尔斯堡进行谈判;26日，签订《尼科尔斯堡预备和约》。
为了避免法国或俄国干预战争，俾斯麦劝谕威廉一世迅速跟奥地利议和，不急于求成。奥军接受法国皇帝拿破仑三世的调停，1866年8月23日，双方正式签订《布拉格和约》。和约规定：德意志联邦议会解散，奥地利完全退出旧的北德意志联邦。而普鲁士则有权建立以它为首的北德意志联邦;奥地利把它对石勒苏益格一荷尔斯泰因的管理权全部让给普鲁士，并向普鲁士偿付一笔大的赔款;同时，奥地利还把威尼斯割让给意大利。
