16、17世纪明朝正是阳明学兴起的时候，朝鲜却以“四端七情论”为中心坚持在朱子学的理路上前进。援朝战争中，明朝经略万世德要求朝鲜也让陆象山、王阳明配享文庙，但是遭到尹根硕等人的反对。这些都反映了16、17世纪中华文化圈内虽然都以程朱理学为思想共识，但是各自的差异也开始出现。
藤原惺窝，师从僧人九峰，还俗后从事朱子学著述，被视作日本朱子学的首创者
在中华文化圈的形成过程中，除了政治认同外，文化认同是更为重要的原因。明朝以前，朝鲜半岛、日本列岛都已经使用汉字很长时间，也深受儒家及汉传佛教的影响。明朝时候，朝鲜、安南、琉球、日本又接受了新兴的宋明理学，这成为中华文化圈发展中的一个重要环节。
在诸国之中，高丽及朝鲜最能与明朝保持高度一致。明朝建立时，正值高丽末期。高丽政权虽然也以儒学理念建构国家体系，但是在思想领域及信仰层面则是佛教占据主导。高丽末期，受到元明崇尚程朱理学的影响，高丽儒生也引入程朱理学力图振兴儒学。
安珦(晦轩)是最早在高丽提倡程朱理学的人。他曾经跟随高丽世子留居燕京。在燕京期间，安珦抄录了朱子著作带回高丽，并在国子监中弘扬朱子学。安珦之后，白颐正(彝斋)赴元朝生活十年，研习程朱理学。白颐正的学说传人有李齐贤(益斋)、朴忠佐等人。李齐贤传弟子李谷(稼亭)、子李穑(牧斋)。李穑传弟子郑道传(三峰)、李崇仁(陶隐)，郑梦周(圃隐)也从游于李穑。白颐正一系，成为高丽末期程朱理学最有影响力的传承体系。此外，还有权溥在高丽刊行朱熹《四书集注》，禹倬传授程朱易学。
经过这些儒者的努力，李齐贤说高丽末期已经“天下同文，家家户户置程朱之书，人皆知性理之学，教化之道近乎成”。程朱理学已经成为朝鲜半岛上最普遍的学问。并且高丽儒生还形成了先学朱子四书学、再读五经的儒学学习程序。
高丽儒者对程朱理学的探讨从伦理规范发展到统治道义，形成经世思想。被李穑称为“东方理学之祖”的郑梦周，在政治上力主高丽放弃北元、转而与明朝结成宗藩关系。在学术上依照春秋义理提出“尊华论”。在社会建设上，他引入《朱子家礼》，建立家庙、倡导三年丧服制度。在个人人格上，他为高丽王朝殉节，成为朝鲜时代忠义的典型。
安珦(晦轩)，最早在高丽提倡程朱理学
在朝鲜王朝的制度建设中，郑道传(三峰)起了非常重要的作用。他按照周礼六官与明朝六部制度编撰《经国大典》，分为《吏典》《户典》《礼典》《兵典》《刑典》《工典》。在《经国大典》中贯彻了儒家的民本、德治两个原则。
朝鲜建国后全面引入明朝制度，形成与明朝相同的政治构造与社会土壤，这成为朝鲜接受明朝思想文化的环境。
在政府架构上，朝鲜模仿明朝六部，设六曹：吏曹、户曹、礼曹、兵曹、刑曹、工曹。六曹之上设议政府，由领议政、左议政、右议政合议。地方设五道，后增为八道。仿照明朝御史制度，设暗行御史，监察地方。
在立法上，刑律则执行《大明律》。
在文教、选举领域，朝鲜如明朝一样在中央设置成均馆，在地方设置乡学。士子入书堂习汉文，再入乡学。应试合格者为生员，进入设在汉城的成均馆学习。参加经文科举考试及第者，授予官职。
如同明朝文官政府、科举制度培养出士子阶层，朝鲜的官僚制度与科举制度也培育出一个相同的士子阶层。这是朝鲜在政治上有中华认同之外，文化上形成中华认同的原因所在。
在推行以儒家思想治国的过程中，朝鲜世宗起了非常重要的作用。在朝廷中，世宗设置集贤殿，对集贤殿学士赐暇读儒经。制定国家五礼体系?(吉礼、凶礼、军礼、宾礼、嘉礼)、士庶家礼(冠礼、婚礼、丧礼、祭礼)。编撰《三纲行实图》，以儒家纲常伦理教化民众。
由于朝廷崇儒，大批儒生进入官僚集团，形成政治上的既得利益阶层，史学家称之为“勋旧派”。勋旧派的文化贡献主要体现在遵照朝鲜王的命令推行文化政策。代表性学者是郑麟趾(易斋)，他是理学家权近(权溥后人)的传人。
与勋旧派相对，还有一批儒生以道统自任，被称为“士林派”。士林派祖述郑梦周，构建出“郑梦周(圃隐)—吉再(冶隐)—金叔滋?(江湖)—金宗直(毕斋)—郑汝昌(一蠹)、金宏弼(寒暄堂)—赵光祖(静庵)”的道统体系，并以程朱理学为基础提出道学的政治理想。面对朝鲜前期王位更迭及官僚政治中的违反纲常、不道义的现象，他们以程朱理学为思想武器，勇于批判。正因如此，士林派遭受朝鲜王及勋旧派的政治迫害，从15世纪末到16世纪初，遭受多次士祸。金宏弼、赵光祖都死于士祸中，金宗直也被剖棺斩尸。
16世纪后半期是朝鲜程朱理学的真正形成期。从这一时期开始，士林派成为政治上的主导力量。朝鲜儒生对程朱理学的理解水平大幅提升，已经可以提出自己独到的观点，并形成了以四端七情论为论争中心的岭南学派和畿湖学派。
岭南学派的理论基础来自李滉(退溪)。李滉被看作是正统朱子学的维护者。他编撰了《朱子书节要》，成为朝鲜儒生研习朱子学的基础。他所撰写的《宋季元明理学通录》以朱子学为正统对宋明儒学史进行了梳理。李滉对明朝的学术潮流十分敏感，对于刚刚兴起的阳明学，他撰写了《传习录论辩》对《传习录》逐条驳斥。对明朝哲学家罗钦顺的主气论，李滉撰写《非理气为一物辨证》进行批判。因为李滉的巨大威望，阳明学被朝鲜儒学者视为异端而加以排斥。作为士林领袖，李滉尊重学校，奏请朝鲜明宗下赐绍修书院匾额，倡导了朝鲜的书院讲学之风。在朝鲜朝后期，书院成为比成均馆、乡学更加重要的士林活动中心。因为退溪的提倡，朝鲜的书院讲学之风的兴起，与明朝陈献章(白沙)之后书院讲学之风相比，也只是略晚而已。
▲岭南学派的理论基础来自李滉(退溪)
李滉自己的思想体系总结在晚年所作的《圣学十图》中。《圣学十图》以图像形式表达他对天人关系、人伦规范的结构性的系统理解。这种表达形式是朝鲜理学的独创。
李滉最有名的论说是“四端七情论”。这是1559年到1566年间，李滉在与奇大升(高峰)的论争之中提出的。是朝鲜儒学对性理学的发展。李滉将“四端”与“七情”相对，认为“四端理之发，七情气之发”。李滉强调理的根源性，提出“理自到说”。李滉的理论暗含着将人心与道心对立的趋势。
畿湖学派的理论基础来自李洱(栗谷)。李滉去世后，成浑维护李滉的观点，就“四端七情”问题与李洱发生论辩。李洱提出“气发理乘一途说”，认为“发者，气也;所以发者，理也”，四端七情都是气发，理蕴含于气中。李洱认为四端为七情中之善者。李洱的理论把人心与道心统一起来。
作为理学家，李洱思想的代表作是《圣学辑要》，以《大学》体系综合儒学。对朱熹的《小学》加以注解，撰写《小学集注》。在普及理学方面，李洱撰写了《四书谚解》《四书小注》。与李滉一样，李洱也重视学校建设，他撰写了初级教育教材《击蒙要诀》以及规范学校教育的《学校模范》。作为士林派在政治上的核心人物，李洱还提出振纲纪、革弊端、安民生的改革要求。
由于李滉、李洱在性理学、尤其是“四端七情论”上对立，其各自门徒形成岭南学派与畿湖学派。而按照朝鲜党争的分野，岭南学派多属于东人党，畿湖学派多属于西人党。学派的分裂与政治上的党争又结合在一起，造成了朝鲜后期政治与社会的分裂。
16、17世纪明朝正是阳明学兴起的时候，朝鲜却以“四端七情论”为中心坚持在朱子学的理路上前进。虽然朝鲜也有人学习阳明学，如许筠(蛟山)、张维(溪谷)等，但朝鲜理学家的主流仍然是批判阳明学。万历二年(1574年)，王阳明配享文庙，这象征着官方对阳明学正统地位的承认。同年，朝鲜理学家许葑出使明朝，在国子监中猛烈地批判阳明学为异端。援朝战争中，明朝经略万世德要求朝鲜也让陆象山、王阳明配享文庙，但是遭到尹根硕等人的反对。这些都反映了16、17世纪中华文化圈内虽然都以程朱理学为思想共识，但是各自的差异也开始出现。
与朝鲜不同，日本的儒学传承主要在博士家中，以汉唐注疏为主。朱子学形成后，主要是经由禅宗中的临济宗传入日本，禅僧玄惠法印、岐阳方秀、桂庵玄树都曾宣传、化用朱子学。而将朱子学发扬光大的则是生活在16世纪后半期的藤原惺窝。
藤原惺窝师从僧人九峰，还俗后从事朱子学著述，被日本学者看作是日本朱子学的首创者。藤原惺窝正处在日本由战国走向统一的时代，前有织田信长、丰臣秀吉，后有德川家康。因而，藤原惺窝提倡以儒家五伦、五常作为日本社会的伦理准则，为统一的政治统治提供思想基础。因而，藤原惺窝重视四书、五经，并以朱子学的理论阐述伦常纲纪。藤原惺窝简化了朱熹对于“理”的论证，将“天道”、“性”、“理”三者视为同一，以贯穿在他的理论体系中。
据林罗山《惺窝先生行状》，藤原惺窝“读圣贤性理之书，思当世无善师，而忽奋发欲入大明国，直到筑阳泛溟渤，逢风涛漂著鬼海岛。先生常慕中华之风，欲见其文物，虽然其盛志不遂而归，先生以为圣人无常师，吾求之六经足矣”。藤原惺窝虽然最终没有来过明朝，但是对于明朝一直都很仰慕，这是源于他所习之朱子学。
林罗山是藤原惺窝的弟子，他生活在16世纪末期与17世纪上半期，相当于万历、隆庆、天启、崇祯年间。林罗山以独尊朱子著称于日本哲学史。他批判陆九渊夹杂老庄之学，更是排斥佛学。德川幕府建立后，林罗山是幕府统治合理性的主要论述者。林罗山援引朱子学论证幕府统治下士农工商的等级制度。虽然在思想上，林罗山独尊来自中国的朱子学，但是在政治上他对明朝评价不高，专门仿照贾谊《过秦论》而写有《过明论》。
17世纪，日本还有一位重要的朱子学家——山崎闇斋。与林罗山注重朱子学义理为幕府统治作论辩不同。山崎闇斋的学术贡献主要是在对朱子学文本的注释与讲解上，以及对朱子学的传播上。自山崎闇斋之后，朱子学在日本大行。但是，晚年的山崎闇斋转信神道，成为垂加神道的创立者。正是在16、17世纪朱子学的传播下，日本学者对中国思想的认同，转而形成对“中国”的认同。
▲山崎闇斋是17世纪日本重要的朱子学家
与朱子学在朝鲜居于绝对统治地位不同，日本江户时代德川幕府虽然重视朱子学，但是朱子学尚未取得独尊地位，因此，17世纪时，阳明学也开始在日本得到传播，其重要人物是被称为“近江圣人”的中江藤树。中江藤树对林罗山的观点多有批驳。在中江的思想体系中，他十分注重“孝”，认为孝是天、地、人三才的至德要道，并将孝与心法、太虚、修齐治平相联。中江藤树的弟子熊泽蕃山调和中江的阳明学与林罗山的朱子学，他脱离了中江藤树以自我修养而明德的内在心性论路径，转向政治王道主义。17世纪的日本阳明学对江户时代影响甚大。江户时代后期著名的起义领袖大盐平八郎极为崇尚中江藤树，称“受其赐亦厚矣”(《儒门空虚聚语》)。
程朱理学在朝鲜、日本的传播及其在地化，既使14—17世纪东亚读书人有了思想的共识，形成同一个文化圈，又使朝鲜、日本的朱子学在16、17世纪呈现出地方性的发展态势。1644年明朝的灭亡是一件划时代的大事，基于理学思想的“华夷之辨”，出于对中国文明的认同，朝鲜自居为“小中华”，而日本儒者也将本国视为正统。
