孝庄之所以不和皇太极合葬，原因其实只有一个：夫妻之间感情不和，孝庄不愿意与丈夫合葬。这里的夫妻感情是指两方面，一方面是指，皇太极最爱的妻子并非孝庄。另一方面则是指，孝庄最喜欢的人也并非是年龄大自己很多的丈夫皇太极。
根据《满文老档》记载，已经能算是老姑娘的海兰珠(孝庄的姐姐)，在26岁时被皇太极纳为了妃子。对其一见钟情的皇太极，随后不但和海兰珠朝夕相伴，皇太极更是降旨为她修建了关雎宫，并将其封为了四大妃子之首(宸妃)。从中便可知皇太极对海兰珠的宠爱程度。
崇德年间海兰珠曾为皇太极诞下过一子。但这个儿子却不幸夭折，当时的皇太极更是有过将汗位传给海兰珠之子的念头。海兰珠丧子之后，皇太极更是想要将福临(孝庄的儿子)，寄养到海兰珠的名下。因此当时的孝庄和皇太极以及海兰珠，彼此间是存在矛盾的。
皇太极可以不喜欢孝庄，但他不应该让孝庄母子分离。随后深受丧子之痛折磨的海兰珠，最终积郁成疾病逝。因最爱的妃子过世，皇太极甚至打破了朝中规制。当时的他不但降旨全国禁止歌舞，他更是为海兰珠罢朝数日。仅过了两年时间，皇太极也因思念成疾去世。可以说皇太极一生最爱的妻子并非是孝庄，而是孝庄的姐姐海兰珠。
皇太极死后，多尔衮与豪格二人，开始激烈争夺汗位。在索尼、鳌拜等人的一再坚持下，多尔衮，豪格二人只好各让一步，拥立孝庄的儿子福临继承汗位。
多尔衮成为摄政王时，他曾逼迫顺治帝，降旨承认自己皇叔父摄政王的身份。至于多尔衮和孝庄是否存在着特殊的感情?编者觉得孝庄并没有改嫁过，但她很可能对多尔衮是存在着一份特殊感情的。
成年后的福临，因母亲和多尔衮之间的风言风语，也因为多尔衮曾害死了自己的兄长(豪格)，对多尔衮心生怨恨，随后多尔衮和福临之间的矛盾进一步有所激化。
满清入主中原后，多尔衮利用手中的权力做的第一件事，就是耗费巨资兴建避暑山庄。为了避免矛盾，多尔衮经常出城打猎。而他也正是在打猎期间，坠马而亡。多尔衮死后，福临新仇旧恨一起报，福临在定了多尔衮多项大罪的同时，更是命人打开了多尔衮的棺椁泄愤。
若干年以后，皇帝已经换成了康熙。弥留之际的孝庄却叮嘱康熙道：皇太极的棺椁已经下葬多年了，不可轻易打开皇太极的陵墓将我们两人合葬。另起陵墓安放我的棺椁又恐劳民伤财。我心念的只有你们父子(康熙和顺治)，你务必要妥善安置我的棺椁，这样我才会没有遗憾(文言文编者翻译了一下)。
孝庄遗言所表达的意思，便是自己死后不希望想和皇太极合葬。虽然她口中称，不愿劳民伤财。但当时的康熙刚刚统一全国，大清是有足够财力修建一座大型陵墓的。而且在满洲境内，早就有满族皇室的大型墓葬群存在了。作为爱新觉罗家儿媳的孝庄，却不愿意进入爱新觉罗家族的祖坟，这就很值得玩味了。
孝庄留下如此遗言，一方面可能还是对皇太极独宠海兰珠一事耿耿于怀。任何一个为丈夫生下过儿子的女人，都不会原谅丈夫心里爱着另一个女人。另一方面很可能是孝庄对多尔衮确实有着别样的情愫，随之她才会羞于与皇太极合葬。
最终75岁的孝庄故去，康熙果然遵照祖母的遗愿，未将她的棺椁葬入皇太极的陵中。康熙将孝庄的棺椁放置在了安奉殿，而且这一放就放了三十七年之久。直到公元1725年，雍正帝继位的第三年，雍正才命人在安奉殿内修建地宫将孝庄的棺椁下葬。
既然孝庄在遗言中声称，自己心念的是顺治、康熙父子。那雍正帝不是应该将她的棺椁，葬在顺治、康熙的陵寝旁吗?事实上雍正帝并没有如此做。雍正帝认为，正是因为安奉殿内供奉着孝庄的棺椁，才保佑着大清国力蒸蒸日上。随即雍正帝便降旨，命人在安奉殿内修建地宫，将孝庄的棺椁埋入了其中。
比较有意思的是，埋葬孝庄棺椁的地方，距离多尔衮坠马而亡之地并不算太远。两者之间的距离，甚至要比安奉殿到顺治帝陵墓的距离还要近一些。这是不是说，孝庄确实对多尔衮有着别样的情怀。随即她便留下了一道密诏，让后世子孙将自己的棺椁埋在更靠近多尔衮死的地方呢?真实情况究竟如何，还有待后世史学家们去进一步考证。
