公元1629年十月二十七日，皇太极率后金军队绕过山海关，借道蒙古，从喜峰口突入塞内，攻入龙井关、大安口，这是后金第一次攻入关内。虽然皇太极将京师围攻了一个多月，就在袁崇焕等人的阻击下，撤围退兵，但己巳之变给明朝带来了极为恶劣的影响。
1644年，清军入关，占据北京后，清朝权贵内部就是否要迁都北京，还是仍旧退回关外产生过争执。多尔衮认为“京师乃天下之根本”，执意迁都，但阿济格等人表示反对，认为满汉无法齐心，不如任取财富，满载而归。多尔衮抬出了皇太极生前说过的话“若得北京，当即徒都，以图进取。”否定了阿济格，立即送出奏折给盛京的顺治。顺治于当年九月甲辰日下午进入紫禁城，标志着清朝经营天下的正式开始。
在此之前，无论努尔哈赤还是皇太极即汗位之初，并不敢考虑入主中原。努尔哈赤在1622年迁都辽阳之后，就认为“大业已成”，建立八王共治制度，以让子孙“大福永享”。皇太极则说得更明确：以山海关为界，以西归明朝，辽河以东归后金，各自立国。《圣武纪》：昔我师既克广宁,时诸贝勒将帅咸请入山海关,我皇考以昔日辽、金、元不居其国而入处汉地,易世之后,皆成汉俗,因欲划山海关以西汉人制之,辽河以东我制之,满、汉各自为国,故军未入关而返,原无争主中原之心也。
这点，在他们子孙康熙的实录中也有记载：“太祖、太宗初无取天下之心。”什么原因让皇太极之后发生了转变，并影响了多尔衮等人呢?转变开始于1629年的己巳之役。明崇祯二年岁末，对大明帝国来说，新君即位二年，正锐意中兴，关内农民军还未燎原，关外后金已两年没有发动战事，似乎还算平静。大变突然爆发，后金大汗皇太极率领十余万大军，不走寻常路，绕过山海关，借道蒙古，兵分三路从龙井关、大安口和洪山口突入长城。史称“己巳之变”。
这是后金第一次入塞，之前他们闹得再凶，也只是局限于辽东，这次敢于大举入侵大明，原因何在?表面原因似乎很简单——没吃的了。这一年，关外发生严重饥荒，女真和蒙古都吃不上饭，《清史稿·太宗本纪》：“是岁，大饥，斗米值银八两，银贱物贵，盗贼繁兴。”然而深层原因，却远不止如此。从后金角度看，己巳之役是他们从政治到军事转变的开始，影响深远。
在努尔哈赤时期，建州虽然通过战争手段统一了女真各部，又把势力扩展到辽东，但后金的本质还是部族统治，他们重视资源和财富，土地并不是最看重的。崇尚武力的满洲勇士认为，只要能打，哪里都是领土，随时能拿下。努尔哈赤建立八旗制度，后金社会从渔猎逐渐过渡到农耕，满洲贵族们的理念转变，却没有这么容易。简而言之，之前后金出兵，以劫掠为目的，也就是一个“抢”字——“汉人闻我动兵，亦曰: ‘来抢我矣! ”。
抢可以抢一时，却很难抢一世，最好的参考就是邻居蒙古。被朱元璋逐出中原后，蒙古各部落退回了游牧状态，也就失去了再争天下的资本。退回游牧状态，蒙古各部落也恢复了之前的生活方式——逐水草而居，对明朝作战的目的，也就逐渐恢复到了最初的掠夺。从明初到明朝中晚期，蒙古与明朝始终在边境不断交战，这些战事里，却多半是以小规模的蒙古部落抢掠为主。
就算举世震惊的土木堡之变和俺答汗兵临北京的庚戌之变，其最终目的也还是抢掠，也先俘虏了明英宗，也只是作为交换更多资源的人质。蒙古各部落就算偶有强人出现，也并没有重新进入中原争霸的野心。更多的反而是彼此之间的互相争斗。带来的结果，是部落的不断衰落，只能成为边患而不是心腹大患，再也没法对明朝统治构成实质性威胁。
这时强盛的后金，之前也类似蒙古，女真各部彼此竞争，互相仇杀也是常事，如果没有努尔哈赤统一女真，他们也就是类似蒙古一样的边患，在明朝羁縻政策下，被不断扶持又被不断打压。作为大汗的皇太极，必须考虑后金的可持续发展问题，是继续一条道抢到黑，还是改变思维模式，以求长远统治。努尔哈赤很强，皇太极也很强，但能否超过他父亲，还有待证实。就算皇太极也和努尔哈赤一样强，那么后金的第三代、第四代人是否也能和他们的祖辈一样?
指望代代出强人显然是不现实的，更聪明的是在理念上动脑筋，也就是对制度进行改革，使之更适合后金的发展，才能保证已征服部落不生异心，更好地团结在八旗框架里，保证可持续发展。己巳之役，皇太极率领后金军长途转战四个多月，收获了大量人口财富，缓解了后金的饥荒。但相比经济上，在政治和军事上的收获要重要得多，它决定了后金之后的发展路线。
皇太极是个高明的政治家和军事家，在政治框架上，他首先要作出改变。远征明朝腹地是后金历史上从来未有之事，诸多满洲贵族心中没底，皇太极要安抚他们，打消他们的疑虑，保证自己的威信。十月二十日，军队已经出发半个多月，代善和莽古尔泰两大贝勒向皇太极发难，要求班师。《清实录》：大军次喀喇沁之青城。大贝勒代善、莽古尔泰于途次私议，晚诣御幄，止诸贝勒大臣于外，不令入，密议班师。
皇太极的对策是利用其他贝勒请战的呼声，压制住了两大贝勒的班师要求——不与两大贝勒直接发生冲突，这是很聪明的一招。岳讬、济尔哈朗众贝勒劝上决计进取。于是令八固山额真诣两大贝勒所定议。两大贝勒云: ‘我等所谋如此，今闻尔等言亦是，仰听上裁可耳。’是夜子刻议定，上遂统大军前进。”
皇太极初期，还是四大和硕贝勒一起执政时期，他们与皇太极并坐左右，分享权力，对皇太极的集权需求形成制约。在他即汗位之初，八旗内部并非铁板一块，在四大贝勒执政制度下，其他贝勒心有不甘，时而和他意见相左。皇太极亟需一场军事上的胜利，来平息反对派的质疑。
安抚了两大贝勒，也就是对后金战争理念的一次升级。在之前，后金虽然在对明作战中一再取胜，但那都是在自己熟悉的辽东作战，如今要深入明境，就算是勇猛善战的八旗将领也并没有必胜把握，所以以代善和莽古尔泰为代表，保守派提出不同意见。事实上，皇太极即位以来，已经在宁锦连吃败仗，对后金士气打击颇大，连他自己也认为“虽师老财遗,然以天下之全力毕注于一隅之间,盖犹裕如也。”
皇太极力排众议主导的这次入塞，可称得上大获全胜，既给了明朝以军事打击，又收获丰盛。己巳之役的胜利，让皇太极树立了威信，之前反对的代善和莽古尔泰被压服。二月十七日，皇太极收兵回师，永平、遵化、滦州、迁安四城仍然在后金手中，他从沈阳调阿敏前去防守。两个月后，在明军反攻下，阿敏丢弃关内四城逃回关外，皇太极对他严厉斥责：我以尔等为人，用尔为全军统率，谓战必胜，谋必成，实信赖尔等。尔等不死于彼处而归，厚颜至此，可耻也!
没多久，皇太极就以此为理由，囚禁阿敏，直到他死于狱中。除掉了阿敏，就只剩了两大贝勒。不久，莽古尔泰也被借故处罚，夺爵罚俸，抑郁成疾，很快病死，剩下的代善只敢俯首帖耳，皇太极大权独揽，四贝勒执政成为历史。如果没有己巳之役，皇太极想顺利收回权力，恐怕还要多花不少功夫，它对后金的政治体制影响深远。
八旗军的野战实力无需怀疑，如果是野战，很少有明军能抵挡他们，赵率教、满桂、孙祖寿这样的明军勇将也都在交锋中阵亡。不过在一路进军中，也暴露出老问题——攻城不力。一路上，后金军也占领了不少城池，不过大部分是靠的内应接应或是招降，比如在蓟州、三河等地，都是如此。
《满文老档》：十三日，大军至蓟州，获一生员，令持书往谕驻城道员、军官及庶民降。又获明兵之一人遂令持书往谕爱塔，桑阿尔寨来降。将行，谕之曰：“将书与彼，事若成，则授以职。”十四日，大军至三河县，获一汉人，令持书招降。如果要强攻，后金军的攻城能力就显得比较孱弱。以昌黎城为例，后金从正月初十到正月十四日，四次攻城，城内知县左应选坚决不降，誓死抵抗，结果后金军用尽办法，始终无法破城。
这实际上是努尔哈赤时代到皇太极初期的遗留问题，清军缺少攻城经验和重型火器，面对坚城往往采取靠内应、劝降、引诱明军出战等办法，努尔哈赤攻下开原、铁岭、广宁，都是用的这些办法，但在袁崇焕坚守的宁远，老办法失效后，绝对优势的后金军还是无法攻克宁远。皇太极自己，也在宁远和锦州沿用努尔哈赤的办法，继续强攻，结果是连吃两次亏，损兵折将。
进入中原，后金军攻城能力的短板暴露地更加明显，昌黎这个县城都无法攻破，北京这样的巨城更加无法想象。一路走来，皇太极对这个问题看得更加明白，他开始在战术上谋求解决之道。己巳之变中后金军的攻城乏力，让皇太极在之后的战役里开发了新的战术——围点打援。
两年后，皇太极发动大凌河之战。他一改之前强攻的办法，连挖四道壕沟，严密围困。明军无法突围，援兵又被早有准备的八旗军连续歼灭——这就是“围点打援”。“攻城恐士卒被伤，不若掘壕筑墙以困之。彼兵若出，我则与战，外援若至，我则迎击，于计为便。”四个月后，城中粮尽，人互食，祖大寿终于不得已出降。围点打援的战法，从此在后金军中成为一种模式。
在松锦之战里，清军也是采用围点打援的战术，包围锦州，随时准备迎击增援的明军。入关后，清军围点打援的战术也一再被运用。1649年，金声桓反清归明，清朝派谭泰领兵征讨，谭泰将金声桓围困在南昌，在城外挖掘一道宽达7米，深也达7米的壕沟，金声桓无法突围，长期围困数月后，城内守军粮尽，终于被攻破。此后，李成栋反清，被清军突袭围在信丰城，清军挖掘壕沟，布置工事，李成栋半夜突围，落水而死，一度好转的南明永历朝局面也再次黯淡。
之前后金军缺乏攻城力量，也让皇太极对重型火器的需求相当迫切，到了孔有德、耿仲明、尚可喜在天聪七年投降而来，带来了皇太极急需的红衣大炮后，皇太极相当重视，将三人封王重用，发展起了清军的重炮部队——乌真超哈。
有了火器和战术的支持，入关后的清军面对坚城再也不是束手无策。武器上，清军从冷兵器为主的军队过渡到冷热兵器混用，战术上，既能攻坚，也能打援，支撑起一次次战役的胜利。在战略上，深入中原使皇太极和八旗贵族掌握到了明朝边镇防务的虚实，对于关内的情况，有了身临其境的了解。之后清军又多次入塞，对关内情况一次比一次熟悉，对之后的统一战争大有裨益。
己巳之役让皇太极对内树立了威信，将权力集中到自己手里。集权之下，皇太极有能力转变努尔哈赤时期传下来的“大业已成”的政策。军事上，皇太极对明清双方实力有了更清醒的认识，并着手加以解决。以上转变的开始，正是来自己巳之役。所以，多尔衮以皇太极遗命“若得北京，当即徒都，以图进取”，平息是否迁都的争论。迁都北京，正是清朝得以立国的根本。
己巳之役的战争影响
第一，庙社震惊，根本动摇。皇太极率军进攻北京，标志着崇祯帝中兴之梦的破灭。明朝京畿地区的防御体系遭到重创或破坏，失去总兵赵率教、满桂、孙祖寿、麻登云、黑云龙、朱国彦六员，兵部尚书王洽、工部尚书张凤翔、蓟辽督师袁崇焕、遵化巡抚王元雅、总理蓟辽保军务刘策等或死或下狱。明朝受到巨大震动，元气大伤。
第二，阉党余孽，掌控阁部。后金军撤退之后，明廷没有认真地总结经验教训，而是借机倾轧，进行党争。崇祯帝没有从全局分析北京己巳之役的历史经验和教训，而是以杀袁崇焕出气、泄愤。阉党余孽借机翻逆案，打击东林党。东林党内阁大学士韩爌、钱龙锡、成基命、李标等去职，而代之以周延儒、温体仁等佞臣入主内阁。六部九卿也相应变更。这标志着崇祯新政的结束。
第三，京师城防，守备虚懈。在此战之前，北京人过了180年的和平生活，战争突然降临，没有任何实际准备。守城官兵既不知道火器的名称，也不知道火器的使用。北京城险些丧于皇太极之手。这次战役在明清易代史上具有极为重大的意义：从宏观上来说，它标志着双方战略形势的又一次重大转变。明朝的堡垒推进、经济封锁和外交联盟政策都在此役后逐渐瓦解，永久性地失去了战略主动。
第四，财富被掠，生民涂炭。京畿、京东地区遭到后金军的大肆掳掠。占领永平的后金贝勒阿敏撤退时，进行屠城。总之，后金军队殃及的地区，生民涂炭，百业凋零。这些都加剧了明朝的社会矛盾，加速明朝灭亡。
