胤禛刚登基，对隆科多非常信任，在许多事情上都咨询他的意见，一派君臣和睦相协、同舟共济的景象。
但到1725年下半年，雍正已经对他有所责难，并开始有步骤地打击隆科多。为什么在短短两年时间内，雍正的态度就转了一个大弯呢?
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究其原因，主要在于隆科多居功自傲，擅权结党，已对雍正的皇权产生了不利的影响。
隆科多曾自夸九门提督(步军统领)权力很大，一声令下就可以聚集两万兵马。这些话语多少暴露了隆科多拥立胤禛的真相，自然为雍正所忌讳。
实际上，当日畅春园的气氛必然是非常紧张的，步军统领所统辖的兵力也确实约有两万名官兵，而隆科多说他带匕首防身也情有可原。但这些话语后来都成了隆科多的罪状。在罪状中，胤禛认为康熙去世当日隆科多并不在康熙身边，也没有派出近侍之人，隆科多此时重提这些话就是大不敬，就是欺罔，全然没有顾及此前不久他还因为隆科多的拥戴之功而感恩戴德。
臣子有功，主上高兴的话可以恩赏，但不允许你自己表功，不然那就是要挟，就是说明主上无能或者无德，这就是大清皇帝雍正的逻辑。
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隆科多对雍正的疑忌不是不知，也想自留退路，于1725年底主动提出辞去步军统领一职。这一招正中雍正下怀，他早就不想把这个要职留在隆科多手里，而且准备让与隆科多不甚亲密的巩泰来接手这个职位。以准许隆科多辞去步军统领一职为契机，雍正开始公开打击隆科多。
1727年夏，隆科多、图理琛等人被派往边境代表清朝政府就边境问题同俄罗斯举行谈判。当时，尽管他的地位摇摇欲坠，但他恪尽职守，仔细进行实地调查，态度坚决地要求俄国归还侵占的大片蒙古土地。也许他有讨好皇帝的心思，但他维护国家利益的行为应该值得肯定。可惜，那时雍正已经完全不信任他，反倒因为其他问题把他逮捕回京受审。七月，隆科多被逮捕回京后，其他谈判代表不再坚持强硬立场，对俄国做了许多让步，当中俄签订《布连斯奇条约》时，俄国的代表认为俄国之所以能够获得成功，“隆科多的被召回”是原因之一。而此时的隆科多已经身陷囹圄，被冠以四十一项大罪定为死刑。
雍正为了避免给人滥杀功臣的讥刺，所以没有将隆科多处以死刑，而是在畅春园附近建房圈禁。圈禁隆科多的地点颇富意味：隆科多位极人臣以此始，身败名裂以此终。一年后，失势的“舅舅”死于禁所。
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隆科多并非一无是处。1727年，隆科多被派往边境主持同俄国的划界谈判。当时，尽管他的地位摇摇欲坠，但他恪尽职守，仔细进行实地调查，态度坚决地要求俄国归还侵占的大片蒙古土地。也许他有讨好皇帝的心思，但他维护国家利益的行为应该值得肯定。可惜，那时雍正已经完全不信任他，反倒因为其他问题把他逮捕回京受审。
最终，“隆科多免其正法，于畅春园外造屋三间，永远禁锢”。其赃款数十万两，于家产中追补。长子岳兴阿被革职，次子玉柱被发往黑龙江当差。1728年夏，隆科多于幽愤中死去。而电视剧《雍正王朝》所演，在雍正末年隆科多联合皇八子等人逼宫也就成了无稽之谈。
