公元1673年（康熙十二年）康熙下令撤藩，吴三桂怒起兵反清，后因吴三桂未趁机过江北上再者年老体弱，起兵失败，康熙终平定三藩。
康熙二十一年（1682年），正月十九，玄烨谕令，将吴三桂骸骨分发各省。这种发泄仇恨的奇特做法，堪称首创。
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对于死了四年之久的吴三桂，康熙竟如此地气急败坏、恨之入骨，因为这位皇帝差一点栽倒在吴三桂手下。
吴三桂为中国历史上最大的汉奸之一，但是，康熙有相当一段时期，被这个吴三桂逼到墙根，康熙说什么也没想到局促在云南一隅的吴三桂，居然挥师北上，来势凶猛。广西、四川、贵州、湖南、福建、广东诸省响应，江西、陕西、甘肃等省波及；同时，他也没想到八旗子弟兵“观望逗留，不思振旅遄进，竟尔营私适己希图便安，或诿兵甲之不全，或托舟楫之未具，借端引日，坐失时机……不知怎样应对？”《清通鉴》记载有康熙在永兴之战失利以后“忧心忡忡，现于词色”。
虽然，康熙最后险胜了。
吴三桂死时已七十四岁，这年玄烨刚二十五岁，两人相差四十九，康熙有足够的时间等到吴三桂自然死亡树倒猢狲散。何必打八年仗，生灵涂炭，满目疮痍？然而，年轻气盛的他，等不及。康熙非常自信：朕八岁登基。十四岁亲政。十六岁就不动声色地拿下辅臣鳌拜，独掌朝政大权。那么，朕二十岁了，还不撤除三藩，以去心腹之患，更待何时？
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然而，康熙高估了自己，他以为能把拥有至高权力，如四辅臣，如鳌拜等统统拿下，吴三桂岂在话下？可他没有仔细思量，鳌拜之流固然在朝廷里有党羽，有耳目，可都在陛下的视线之内，掌控之中呀！而吴三桂却远在南疆，鞭长莫及，何况那是有地盘，有军队的实力派！现在，你一纸谕令，要他和他的部属，撤出经营了十年之久的云南、贵州，再去驻防山海关，再去拓荒垦边，分明是激其生变，促其反叛。
结果，这场仗，打了八年，吴三桂差不多打下了长江以南的半壁江山，这其间，双方进行过六次殊死决战，吴军胜四，清军胜二，吴是占上风的。几年的仗打下来，吴的总兵力为清军的两倍，无论数量和质量上，玄烨都不是吴的对手。因此，如果不是吴三桂病死，战争未必很快结束。既然战争还要进行下去，那么，他被吴三桂打败的可能是存在的。所以说，玄烨的赢，赢得有些忐忑。
“幸荷上天眷佑，祖宗福庇，逆贼遂尔荡平。倘复再延数年，将若之何？”这是发自他内心的话，说明他请得了神，而送不了神的尴尬，曾经使他六神无主过。
在中国历史上，撤藩，大多得付出代价。公元前154年，汉景帝刘启用晁错计，削夺诸侯国部分土地，归中央直接管理，吴王刘濞、楚王刘戊，与其他五位侯王，以“清君侧”的名义起兵反抗中央政府，史称“七国之乱”。刘启派太尉周亚夫、大将军窦婴率大军镇压，历时三月，叛乱平定。公元1399年，明惠帝朱允炆纳齐泰、黄子澄削藩之策，是年七月，驻北京的燕王朱棣，以诛齐、黄为名，举兵反。这一仗打了四年，朱棣攻入南京，惠帝自焚，叔叔夺了侄儿的江山。只有公元961年与969年的宋太祖赵匡胤的两次“杯酒释兵权”，算是一次成本极低的“削藩”行动。
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看来，作为少年天子的康熙，并没有从中国历史中汲取教训，而是一意孤行，非要逼吴三桂就范。结果，他自己也承认这场险胜，与失败无异。“伪檄一传，在在响应，八年之间，兵疲民困。”但康熙并不责备自己，却仍振振有词地反问大家：“忆尔时惟有莫洛、米思翰、明珠、苏拜、塞克特等言应迁移，其余并未明言迁移吴三桂必致反叛。议事之人至今尚多，试问当日曾有言吴三桂必反者否？”
