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要进行山茶杂交，首先要了解其花部构造。山茶的花朵，由花托、花萼、花冠、雌蕊（包括柱头、花柱、子房）和雄蕊（包括花药和花丝）等部分组成。在花性器官发育正常的花朵中央，可以看到一肉质的雌蕊，也就是花朵中的雌性生殖器官。雌蕊下面（部）膨大的部分叫子房，子房中有胚珠，受精后能发育成种子。雌蕊顶端有三个突起的部分称为柱头，是接受花粉之处。在雌蕊周围，有许多带小囊的花丝就是雄蕊，是花朵的雄性生殖部分。囊状的东西叫花药。花药中有许多黄色的花粉。花粉在花药成熟开裂时从中散出，如果落在雌蕊的柱头上，雌蕊就可能受精结子。
进行山茶杂交前，先要确定父本和母本。如父本为金花茶，开花早、耐寒，花朵为单瓣型；母本为华东山茶白绵球，花白色，半重瓣。取金花茶的花粉与白绵球杂交，以得到理想的黄色新品种杂种后代。
授粉时最重要的因素是不能太冷，否则花粉管不能形成。最好是18～22℃的室内无风雨和露水处。
杂交的步骤如下：
（1）疏蕾 花蕾形成后，在母本上留发育健全的大小花蕾3～4枚，父本上留发育健全的大小花蕾7～8枚，将其余的全部摘除。待留蕾将开放时，选其同时开放而又最为健壮的花蕾进行授粉，将其余的全部摘除，以节省养分，供留着的花朵生长、发育、交配之用。
（2）去雄 对作母本的山茶，要在其开花前将雄蕊去掉，以防花粉落在自己的柱头上，造成自花受精。这一措施叫“去雄”。一般在花蕾已经长大，当花朵露色而未开放时进行。事先要准备好几样东西：小剪子、细镊子、70%的酒精、羊皮纸袋、回形针（曲别针）和纸质挂牌。去雄时将花蕾轻轻扒开，用镊子轻轻将雄蕊全部夹出。夹出花药时必须十分小心，切勿夹破花药，万一花药被夹破，应立即将镊子放在酒精瓶中浸一下，杀死其上沾染的花粉后再继续工作。重瓣品种者花瓣太多，去雄不方便，可先用剪子把花瓣剪去一部分。注意：有时花瓣尚未张开而花药已经开裂，这样的花蕾就不能用，而应另选其他花蕾去雄。
待一朵花中全部雄蕊去除干净后，套上一个透明的羊皮纸袋，下面别上一个回形针，防止外来花粉的沾染，花下挂一个纸牌儿，写上母本品种名称和去雄日期。
（3）授粉 授粉用的花粉是从父本植株上采取的。由于山茶的花药很多，各花药成熟时间又不一致，因而一朵花中的花药开裂要经过好几天。在此期间内，其他植株的花粉很容易通过风或昆虫传到选定的父本花药上去，造成花粉混杂。所以在选定父本花朵开放之前也要给它套上一个纸袋。
授粉一般在母本去雄2天后进行。授粉时间最好在上午9时左右，这时花药多，刚刚开裂。授时摘去母本花上的纸袋，夹去父本花上刚开裂的花药，在母本柱头上涂抹，来回重复几次，待母本柱头上沾满花粉后重新套袋。然后再在纸牌上写上父本名称和授粉日期。为提高人工杂交的结实率，第二天可重复授粉一次。
授粉后母本子房出现膨大，但不一定真正受精结实。杂交成功的果实一般在9～10月成熟，可剥出种子沙藏，第二年春天取出种在花盆中。如养护得当，5年后便可开花。
由杂种种子长成的植株叫“杂种一代”。杂种一代的性状一般变化较少，父母本的各种性状通常要在杂种第二代（杂种一代开花结子产生的后代）才开始表现出来。因此要选育一些优良茶花新品种往往要经过许多年。
（4）套袋、挂牌 授粉完毕后应立刻套袋，以防止杂交的污染。所用的袋有聚乙烯纸袋、蜡纸袋、塑料袋、硬纸袋多种。经试验证明，以硬纸袋作授粉袋效果最好。它通气，有一定透光度，挺立、保护性好。套袋方法是将硬纸袋轻轻套住已授粉的花朵，下部用回形针卡住，动作要轻，否则花朵容易被碰落。
纸袋套好后，在授粉花朵枝上吊上标牌，注明授粉日期及两亲本名称。一般的写法为母本×父本，如用白绵球品种作母本，用金花茶的花粉为其授粉，写法为白绵球×金花茶。由于授粉到果实成熟要经过8～9个月时间，所做的标记往往因时间长而字迹不清，故应该选择复写塑料板做标牌，用记号笔写，字迹周年不退。
（5）授粉后的管理 授粉杂交后，大约经过7～10天时间，雌蕊的柱头变化为褐色，逐渐枯萎，可将罩在花朵上的纸袋及时除去。过1个月检查一下授粉花朵，轻轻触动一下，如果受精失败，子房则会脱落，若受精成功，子房便开始膨大。对受精成功的植株要加强管理，前期多施点氮肥，后期多施点磷钾肥。特别在7～8月有一次生理落果和病虫害落果过程，要及时做好防治病虫害工作。
